深圳食品经营许可证的网上申请流程相对便捷，旨在提高审批服务效率，方便企业办理。以下是具体的网上申请流程：
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一、完成实名认证和账号升级
进入广东省政务服务网：首先，登录广东省政务服务网 ，切换区域为“深圳市”。
选择法人登录：点击右上角登录选项，选择法人登录。
实名认证：通过微信扫码，下载电子证照并进行实名认证，添加需办证的企业执照，授权登录。
账号管理：登录成功后，点击网页右上角的账户管理，在账户安全设置处绑定手机。
修改信息：在账户基本信息处，修改法人所在地为营业执照上的地址，并保存。
实名核验：确保账户等级达到4级或5级，方可进行食品经营许可证的办理。
二、在线申请食品经营许可证
搜索并选择办理事项：在广东省政务服务网搜索“食品经营许可”，找到相关选项后点击“在线办理”，并选择深圳市。
注意：如果是仅销售预包装食品备案，选择第一项；其他情况选择第二项。
信息自检：在“信息自检”环节核对信息，填写申办人信息，并勾选协议。
资料填写：进入“资料填写”环节，根据页面提示填写相关信息。
上传材料：
打印并签字申请书后，拍照上传至指定位置。
身份证正反面拍照上传至相应栏位。
根据材料要求上传其他必要文件，如布局图、操作流程图、与挂钩生产单位的合作协议、经办人身份证明等。
提交申请：上传完毕后，点击提交申请，完成申请环节。
三、查看办理进度及下载电子执照
查看进度：重新进入该事项，点击“在线办理”，选择深圳市后，在右上角点击“我的事项”即可查看进度。
下载电子执照：如果进度显示已完成，点击右上角“我的证照”进行电子证照打印。电子食品经营许可证由审批系统自动送达，与纸质证照具有相同法律效力，可自行打印张贴。
注意事项
申请人必须是法定代表人或者授权代表人。
确保所填写的申请信息真实、准确、完整。
按照规定提供所需的证明材料和资料。
配合现场审核（如需要），保证审核的顺利进行。
遵守相关法律法规，依法申请食品经营许可。
通过以上流程，企业可以在网上便捷地完成深圳食品经营许可证的申请和办理。